Ferrocargas del Sur cuenta con mas 70.000 metros cuadrados de superficie en depósitos propios en Buenos Aires (Capital), Bahía Blanca y Grumbein (Provincia de Buenos Aires), Darwin y Cipolletti (Provincia de Río Negro) aptos para la recepción, almacenamiento y guarda segura de su mercancía, los mismos cuentan con áreas cerradas bajo techo, monitoreo por cámaras de video, y guardia de seguridad.